Dessa forma, o edifício foi organizado a partir de dois blocos principais posicionados em função do melhor aproveitamento da área do lote. Estes blocos são protegidos por uma segunda camada de vedação que os envolve completamente criando um espaço intermediário que funciona como uma barreira de ar entre o ambiente externo e os espaços de armazenamento e preservação. Além de garantir uma maior proteção em relação a potenciais danos causados por agentes externos, esta barreira proporciona maior eficiência energética ao edifício ao evitar trocas de calor direta entre os ambientes climatizados e o ambiente externo. Este espaço vazio também abrigará tubulações e encanamentos que terão o acesso facilitado para manutenções e permitirão fácil identificação de problemas nas instalações que podem representar riscos em potencial ao acervo, além de permitir maior flexibilidade de manejo das instalações no caso de eventuais mudanças nos ambientes.
Nas faces voltadas para a rua, a vedação externa prevê o uso de blocos de vidro, possibilitando vislumbrar os dois volumes constituídos pelas salas destinadas a abrigar o acervo, reforçando a ideia de proteção de um bem valioso. Brises horizontais protegem da incidência direta do sol.
A organização dos espaços internos, posicionados ao redor de uma circulação central, permite uma flexibilidade de ocupação, possibilitando diversas formas de compartimentação das salas em função da necessidade de propiciar diferentes condições climáticas e espaciais em função das características específicas dos materiais armazenados.
No primeiro pavimento foi prevista a interligação com o prédio do Edifício Sede para acesso da Sala de Consulta através de uma passarela de estrutura metálica leve, minimizando as intervenções estruturais no edifício existente.